基金會於89年9月與宇城公司及願景建築師事務所合作，接受澎湖縣政府「馬公市都市計畫區都市更新地區範圍劃定案暨建立縣府實施都市更新機制規劃研究案」之委託，進行馬公市全市性調查評估，劃定都市更新地區，研擬都市更新綱要計畫，提出未來推動更新之政策規劃，並針對優先示範更新地區，提出都市更新計畫構想，作為推動之依據。本案已於90年1月9日舉辦期中簡報，並計於2月14日舉辦說明會，聽取民眾意見，為後續規劃參考，全案預計90年3月完成。

本案經篩選評估後，提出十個更新地區，包括：以再創觀光據點帶動產業復甦的觀音亭更新地區、以水岸更新為主題的第二漁港更新地區、老舊眷村遷移後原址再利用的新復里更新地區、以整建維護帶動地區性商業中心再生的中興街更新地區、配合小三通政策與入口門戶塑造的馬公港更新地區、配合古蹟文化保存與再發展的中央街更新地區、市場遷移後原址規劃為澎湖產業再發展腹地的建國及重光市場更新地區、及三處老舊住宅更新，包括中華路郵局南側更新地區、澎水警光新村更新地區及縣府東側更新地區。並選定觀音亭更新地區、第二漁港更新地區、新復里更新地區及中興街更新地區四個優先更新地區，作為後續研擬都市更新計畫構想，作為縣府推動更新之示範地區。

另針對馬公市更新地區提出整體更新策略構想，包括：強化中正路南端台華輪水路門戶及重新規劃光復路及民生路之六叉路口，塑造機場進入市區門戶意象。重新規劃觀音亭地區為水岸觀光休閒據點，策略更新現有第二漁港為具夜生活吸引力之生活與觀光據點，並規劃新復里地區為多功能渡假村，提昇觀光配套，作為未來舊市區再發展之關鍵帶動地位。相關更新地區之串聯計畫，包括：釋放西岸軍方用地，規劃為海濱休憩公園，銜接金龍頭及觀音亭觀光活動；民生路及中正路造街計劃，加強觀音亭及第二漁港東西向之聯結，及市區南北向之聯繫；並規劃環狀社區及觀光街車路線，串聯各觀光據點。另外，藉由標示、引導手法加強珍貴歷史人文資源記憶空間可及性。同時藉由更新與重建，以公有土地優先提供社區居民優質公共服務設施，提昇居民生活品質。